Logiciel de comptabilité pour PME / TPE : tout comprendre sur cet outil

Vous gérez la comptabilité d’une PME ou d’une TPE ? Ce n’est pas toujours simple entre les différentes obligations légales, les déclarations fiscales et la gestion de la facturation. S’équiper d’un logiciel de comptabilité pour PME s’avère indispensable afin d’automatiser certaines tâches et de limiter les erreurs. Découvrez les fonctions d’un logiciel de gestion comptable et ses avantages pour votre entreprise.

La tenue de la comptabilité d’une TPE/PME implique, notamment :

• la création de devis et l’édition de factures ;
• l’enregistrement de chaque transaction ;
• l’établissement des comptes annuels (bilan, compte de résultat, annexes) et des livres comptables (livre-journal et grand-livre) ;
• la conservation des pièces justificatives.

Néanmoins, l’importance des obligations comptables dépend de la forme juridique de votre entreprise et du régime fiscal choisi.

Il existe deux types de comptabilité. À savoir :

• la comptabilité d’engagement ;
• la comptabilité de trésorerie.

La comptabilité de trésorerie est plus simple à mettre en place puisqu’elle consiste à n’enregistrer que les flux financiers, c’est-à-dire les encaissements et les décaissements.

En revanche, la comptabilité d’engagement génère davantage d’écritures comptables : une lorsqu’une opération est engagée (émission ou réception d’une facture) et une deuxième au moment du flux financier.

Que vous ayez une comptabilité d’engagement ou de trésorerie, elle peut être tenue des deux manières suivantes :

• en interne (par vous-même ou l’équipe comptable) ;
• avec l’aide d’un expert-comptable.

L’utilisation d’un logiciel de comptabilité peut vous faciliter la gestion comptable et financière de votre entreprise. 

Ces outils proposent des fonctionnalités vous permettant de centraliser vos données et d’automatiser certaines tâches répétitives (l'entrée d’informations, la production de rapports financiers, etc.).

Qonto n’est pas un logiciel de comptabilité en soi, mais comprend de nombreux outils qui vous aideront dans la gestion de votre entreprise, dont :

• un module de gestion des factures clients et des factures fournisseurs ;
• la centralisation de vos justificatifs papiers et numériques ;
• plus de 50 intégrations comptables grâce à EBICS.

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour les PME / TPE doivent comprendre un socle de fonctionnalités minimales pour répondre aux besoins spécifiques de toutes les entreprises et des différents secteurs d'activité. À savoir :

• la saisie automatique des écritures comptables ;
• la gestion de la taxe sur la valeur ajoutée (la saisie automatique en fonction des taux, la réalisation des déclarations, etc.) ;
• un outil d’édition de devis et de factures (avec suivi du paiement des factures) ;
• la gestion des notes de frais ;
• le rapprochement bancaire ;
• la préparation des livres comptables et des comptes annuels ;
• la gestion des immobilisations et des stocks ;
• le suivi et la catégorisation des dépenses ;
• l’export comptable.

La plupart des logiciels intègrent également des tableaux de bord de trésorerie et l’établissement de prévisions.

Avec Qonto, gagnez un temps précieux sur la gestion comptable de votre entreprise grâce aux fonctions suivantes :

• le transfert de vos justificatifs par e-mail, photo ou à l’aide de nos intégrations ;
• la saisie automatisée de la TVA et des données de vos fournisseurs ;
• le suivi de trésorerie instantané ;
• la présence d’un historique illimité de vos transactions ;
• la connexion de votre compte pro à votre logiciel de comptabilité.

Quatre critères sont à prendre en compte avant de choisir le logiciel de comptabilité de votre TPE / PME. À savoir :

• les fonctionnalités incluses ;
• l’ergonomie et la simplicité d’utilisation ;
• la sécurité des données ;
• le tarif.

Faites le point sur vos besoins professionnels en matière de comptabilité, de facturation, de gestion de la TVA et des immobilisations, de suivi de trésorerie, de nombre d’utilisateurs, etc.

Vous pourrez ainsi déjà comparer vos attentes avec les fonctionnalités incluses dans les différentes formules des logiciels de gestion comptable.

Optez pour un logiciel complet avec des outils de comptabilité, de trésorerie et de gestion financière incluant des rapports d'analyse pour qu'il soit un réel appui à la prise de décisions stratégiques.

Les outils de comptabilité peuvent avoir deux formats différents, c’est-à-dire :

• un logiciel à installer sur son ordinateur ;
• une solution SaaS (Software as a Service) accessible en ligne.

L’avantage du SaaS est qu’elle est accessible depuis n’importe quel poste de travail. Par ailleurs, il peut être utile que le logiciel propose une application pour avoir une vision de sa comptabilité dès que nécessaire.

De plus, une bonne solution de comptabilité doit posséder une interface intuitive et facile d’utilisation pour éviter les erreurs, surtout si vous faites vous-même votre comptabilité.

La prise en main du logiciel doit être rapide pour un non initié à la comptabilité. Par exemple, les connexions avec vos autres outils de gestion doivent être simples à mettre en place et le tableau de bord doit permettre d'avoir une vue d'ensemble claire de votre situation financière et des informations clés.

Il est également important que vous puissiez bénéficier d’un support technique de qualité et réactif en cas de besoin.

Veillez à ce que le logiciel de comptabilité choisi respecte le règlement général de protection des données (RGPD) et qu’il sécurise vos données via un hébergement de qualité.

Bien entendu, le tarif demeure un critère déterminant dans le choix de votre solution de comptabilité.

Le prix des logiciels varie principalement en fonction des fonctionnalités incluses et du nombre d’utilisateurs.

Déterminez le budget que vous souhaitez allouer à la gestion de votre comptabilité sachant qu’un bon logiciel vous fera gagner un temps précieux et donc, de l’argent.

Le compte pro de Qonto se décline en plusieurs versions pour s’adapter à la taille de toutes les structures et afin de permettre aux professionnels de ne payer que pour les outils dont ils ont besoin au quotidien. 

Le forfait Basic débute à 9 € HT par mois, la formule Essential pensée pour les TPE est à 49 € HT par mois et l’offre Business pour les PME, à 99 € HT par mois.

Le meilleur logiciel de comptabilité est celui qui s’adapte aux besoins spécifiques de votre entreprise. Néanmoins, quelques outils sont très appréciés par les TPE/PME en 2025, tels que :

• Pennylane : il s’agit d’un logiciel de facturation, de comptabilité et de gestion financière 100 % en ligne (sans installation) et accessible à partir de 14 € HT par mois ;
• Sage : cet éditeur propose plusieurs solutions, dont Sage 50 (version logiciel à installer) et Sage Active (sur le cloud) destinées aux TPE / PME (dès 12,50 € HT par mois) ;
• Evoliz : un outil de facturation et de pré-comptabilité moderne et disponible dès 14 € par mois ;
• Cegid : cet éditeur de logiciels de gestion financière propose Cegid Comptabilité pour les TPE / PME. Il mise avant tout sur l’automatisation de la gestion comptable ;
• EBP Comptabilité : EBP a développé trois logiciels pensés exclusivement pour la comptabilité des TPE / PME. Le premier, EBP Comptabilité Hubbix est 100 % en ligne et disponible dès 35,20 € HT par mois. Des modules complémentaires peuvent être sélectionnés pour personnaliser son outil en fonction de ses attentes ;
• Axonaut : un solution de gestion ultra complète (comptabilité, facturation, compte pro, gestion des dépenses, suivi de trésorerie, du stock, des projets, de la RH, etc.) et totalement en ligne pour 69,99 € HT par mois.

Qonto se positionne comme une alternative ou un complément à votre logiciel de comptabilité. La plateforme tout-en-un de son compte pro vous donne accès à de nombreuses fonctionnalités avancées afin de vous faire économiser de nombreuses heures de gestion. Par exemple :

• la numérisation de vos reçus (ils auront la même valeur légale qu’une version papier) ;
• les relances automatiques de vos collaborateurs pour obtenir les justificatifs des dépenses professionnelles ;
• l’envoi automatisé de vos factures sur votre compte (grâce aux intégrations Zapier et Integromat) et l’import de vos factures fournisseurs ;
• la détection de la TVA et des données de vos factures ;
• le bénéfice d’une vision globale et en temps réel de votre trésorerie ;
• la connexion de vos comptes bancaires et de vos prestataires de paiement pour centraliser vos données et réconcilier vos documents et transactions ;
• l’export de vos données entre votre compte pro et plus de 80 outils comptables ;
• l’accès en lecture seule pour votre expert-comptable ;
• l’utilisation d’un logiciel de facturation électronique.

Vous pourrez ainsi vous concentrer sur votre business.

Par ailleurs, Qonto a développé une solution de cash management pour anticiper votre trésorerie future, automatiser le suivi de vos paiements et avoir une vision interactive de vos flux financiers.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de comptabilité ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en mai 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.