Les meilleurs logiciels de gestion pour PME en 2025

Gérer une entreprise, c’est jongler entre la facturation, la comptabilité, les ressources humaines, la gestion commerciale, etc. Les logiciels de gestion pour PME sont devenus des alliés incontournables pour gagner du temps, réduire les erreurs et piloter son activité plus sereinement. Tour d’horizon des solutions tout-en-un et spécifiques les plus performantes pour les dirigeants de petites et moyennes entreprises.

Les outils tout-en-un regroupent plusieurs fonctionnalités au sein d’une même plateforme. Parmi les meilleurs logiciels de gestion pour PME, on retrouve :

• Axonaut ;
• EBP ;
• Sage ;
• Odoo ;
• Cegid.

Axonaut regroupe de multiples fonctionnalités couvrant l’ensemble des besoins d’une PME. Il permet de gérer sa facturation, de centraliser les demandes clients, de tenir sa comptabilité ou encore de gérer plus facilement ses projets.

Parmi les points forts d’Axonaut :

• devis et factures en quelques clics avec signature électronique et relances automatiques ;
• CRM intégré : suivi des clients, agenda, opportunités commerciales ;
• comptabilité préparatoire : synchronisation avec le compte bancaire, gestion des notes de frais, etc. ;
• modules RH : gestion des plannings, suivi du temps, calcul des charges (hors paie) ;
• fonctionnalités avancées : gestion des stocks, campagnes marketing, gestion de projet.

Acteur historique du marché français, EBP propose une suite de logiciels métier adaptés aux PME et TPE qui exercent dans des secteurs d’activité variés (bâtiment, commerce, automobile, etc.).

Parmi ses fonctionnalités clés :

• gestion de la comptabilité (saisie comptable, clôture, TVA, etc.) ;
• édition de devis et de factures ;
• gestion de la paie et des déclarations sociales ;
• modules spécialisés pour la fiscalité.

Sage est un logiciel de gestion incontournable qui propose une offre modulaire couvrant la comptabilité, la gestion commerciale, la facturation ou encore le CRM.

Parmi ses atouts :

• automatisation de la comptabilité ;
• devis et factures personnalisables ;
• relances et facilités de paiement en ligne ;
• mise à disposition de tableaux de bord et d’indicateurs de suivi pour simplifier la prise de décision.

Odoo est une suite d’applications open source très complète. De la gestion commerciale à la comptabilité, en passant par les ressources humaines, la production ou le marketing, ce logiciel couvre l’ensemble des besoins d’une PME.

Ses fonctionnalités incluent :

• CRM avec une vue client à 360° ;
• édition des devis et des factures ;
• suivi des stocks ;
• gestion des ressources humaines ;
• reporting avancé et tableau de bord en temps réel.

Cegid propose une suite logicielle complète destinée aux TPE et PME. Elle met l’accent sur la gestion commerciale, la paie, la comptabilité et la relation client.

Ses fonctionnalités les plus appréciées :

• comptabilité avec saisie comptable et télédéclaration de la liasse fiscale ;
• gestion de la paie ;
• facturation et gestion commerciale ;
• CRM et suivi client.

De plus en plus de PME font le choix d’outils digitaux spécialisés pour gérer efficacement leur comptabilité et leur trésorerie d’entreprise. À savoir :

• les solutions de gestion financière ;
• les logiciels de comptabilité ;
• les outils de facturation.

Les comptes bancaires professionnels et les logiciels de gestion de budget offrent une vision complète de la trésorerie de votre entreprise. Ils permettent notamment de :

• suivre les flux d’encaissements et de décaissements ;
• identifier les écarts entre le prévisionnel et le réel ;
• construire des scénarios financiers pour anticiper les besoins.

Outil recommandé : Qonto.

Qonto est une solution de gestion financière complète qui permet de :

• suivre vos entrées et sorties d’argent en temps réel ;
• catégoriser vos dépenses ;
• ajouter des justificatifs en un clic ;
• générer des exports pour votre expert-comptable.

Vous pouvez même connecter Qonto à vos outils financiers préférés (Workday, Agicap, etc.) pour centraliser l'information.

Les logiciels de comptabilité pour PME permettent d’automatiser une grande partie des tâches liées à la tenue comptable (saisie d’écritures, rapprochement bancaire, déclarations fiscales, édition de bilans et liasses fiscales). Ils facilitent également la collaboration avec les experts-comptables.

Parmi les meilleurs logiciels de comptabilité :

• Sage ;
• Tiime ;
• Evoliz ;
• Dougs.

Connectez Qonto à votre logiciel de comptabilité préféré pour fluidifier la gestion financière de votre entreprise. Bonne nouvelle : Qonto est compatible avec 50 outils comptables.

Créer et suivre ses factures peut vite devenir un casse-tête, surtout sans automatisation. Les outils de facturation permettent :

• la création rapide de devis, factures et avoirs ;
• le suivi des paiements en temps réel ;
• la gestion des factures récurrentes ;
• l’envoi de relances automatiques pour le recouvrement des factures impayées.

Outil recommandé : Qonto.

Avec son logiciel de facturation intégré et 100 % gratuit, Qonto permet aux PME de créer et envoyer des devis et factures directement depuis leur compte pro. Vous pouvez :

• suivre les règlements clients ;
• être notifié en cas de retard de paiement ;
• bénéficier d’un suivi clair et simplifié de vos créances.

Dans une PME, la bonne coordination des équipes est souvent la clé de la performance. Ainsi, vous pouvez utiliser des outils pour :

• organiser les projets et les tâches ;
• faciliter la collaboration d’équipe ;
• améliorer la communication interne.

Même avec une petite équipe, il est important de mettre en place des processus pour visualiser l’activité de votre structure, les difficultés éventuelles et le temps passé par projet.

Utiliser un logiciel de gestion de projet vous permet de :

• créer des plannings pour chaque projet ;
• assigner les tâches à vos collaborateurs selon leurs rôles ;
• visualiser l’avancement du projet en temps réel ;
• créer une base de connaissances pour toute l’équipe.

Outils recommandés :

• Trello, pour visualiser les tâches sous forme de tableaux et de cartes ;
• Monday, pour profiter d’automatisations poussées ;
• Notion, pour combiner gestion de projet et documentation interne dans un seul espace.

Les outils de collaboration en ligne offrent une base de travail commune à toute l’équipe :

• partage de documents et suivi des versions en temps réel ;
• création d’espaces de travail partagés ;
• commentaires et notifications pour un travail asynchrone plus fluide.

Outils recommandés :

• Notion, pour centraliser la gestion de projet et les documents de travail dans un seul outil ;
• la suite collaborative de Google, pour les équipes habituées à travailler en ligne.

La fluidité des échanges est cruciale pour éviter les malentendus, renforcer la cohésion d’équipe et permettre à chacun d’être suffisamment réactif, notamment en télétravail.

C’est justement ce que permettent les plateformes d’échange collaboratives et les logiciels de visioconférence.

Outils recommandés :

• Slack : la référence du chat d’équipe, simple, rapide, et personnalisable ;
• Google Meet : la solution intégrée à la suite Google Workplace ;
• Zoom : pour des visios de qualité, même en grand nombre.

Aujourd’hui, il existe des *logiciels *qui vous permettent d’établir facilement les bulletins de salaire, d’assurer l’automatisation du paiement des salaires et d’offrir une expérience salarié plus fluide et efficace.

Gérer des candidatures sur Excel ou par e-mail atteint vite ses limites. Un logiciel RH dédié vous permet de :

• centraliser les candidatures et suivre leur évolution ;
• standardiser et automatiser l’onboarding ;
• accélérer l’identification des profils les plus pertinents

Résultat : une meilleure expérience candidat et une intégration réussie dès les premiers jours.

Outils recommandés :

• Lucca : idéal pour gérer le recrutement, les plannings, etc. ;
• Deel : la solution pour les équipes internationales.

À mesure que l’effectif augmente dans l’entreprise, la gestion de la paie devient plus complexe. Les logiciels de paie automatisent :

• le calcul des salaires ;
• les déclarations sociales ;
• la génération et l’envoi des bulletins de salaire.

Ces outils garantissent la conformité légale et évitent les erreurs de calcul.

Outil recommandé : PayFit.

Ultra intuitif, cet outil en ligne vous fait gagner du temps sur la gestion de la paie. Vos fiches de paie sont générées automatiquement à la date de votre choix et la gestion des congés est prise en charge.

Proposer des avantages sociaux n’est pas réservé aux grandes entreprises. Par exemple, toutes les sociétés du secteur privé doivent proposer une mutuelle d’entreprise à leurs collaborateurs et participer a minima à 50 % du prix des cotisations.

Elles peuvent également proposer :

• des titres-restaurant dématérialisés ;
• des dispositifs d’épargne salariale.

Outils recommandés :

• Alan : complémentaire santé simple et transparente ;
• Swile : gestion des titres-restaurant depuis une application mobile ;
• Epsor : processus 100 % en ligne pour une épargne simple, personnalisée et responsable.

Développer son chiffre d’affaires sans perdre le fil de ses prospects ni négliger ses clients existants : c’est tout l’enjeu de la relation client pour une PME.

Pour cela, vous pouvez vous équiper :

• d’un logiciel de gestion commerciale ;
• d’un outil pour le service client ;
• d’une solution pour vos campagnes marketing.

Un bon CRM (Customer Relationship Management) vous permet de :

• structurer et automatiser le cycle commercial, du premier contact à la fidélisation ;
• centraliser les données clients ;
• assurer l’historique des interactions ;
• offrir une vue à 360° pour des actions plus ciblées.

Résultat : une meilleure connaissance client, des interactions personnalisées et un taux de fidélisation plus élevé.

Outils recommandés :

• HubSpot, pour une gestion gratuite des contacts, avec des extensions marketing et commerciales ;
• Pipedrive : pensé pour les commerciaux ;
• Sellsy : solution française tout-en-un (CRM, facturation, etc.).

Un bon service client est un levier puissant de fidélisation. Certains logiciels CRM proposent des fonctionnalités spécifiques pour centraliser et structurer les demandes entrantes.

Ces outils offrent :

• un support multicanal pour regrouper toutes les interactions client dans une seule interface ;
• une base de connaissances intégrée pour répondre plus vite aux demandes fréquentes ;
• un historique des tickets pour assurer un suivi personnalisé.

Outils recommandés :

• Zendesk : pour une assistance rapide et personnalisée sur tous les canaux de communication ;
• Salesforce : pour les PME ayant des volumes importants de tickets à traiter.

Vous pouvez avoir besoin d’envoyer des e-mails groupés à votre base de clients ou de prospects pour vos actions commerciales. Néanmoins, vous ne pouvez pas utiliser votre serveur de messagerie traditionnel : vos e-mails seraient considérés comme des spams.

Heureusement, certains outils dédiés à l’automatisation marketing vous permettent de :

• créer des campagnes d’e-mailing segmentées ;
• concevoir des tunnels de vente ;
• mesurer les performances de vos campagnes.

Outils recommandés :

• Mailchimp : l’un des outils les plus complets pour l’e-mail marketing, avec des scénarios automatisés ;
• Mailjet : solution française pour gérer vos envois d’e-mails et de SMS.

La gestion des stocks est un maillon clé de la performance logistique et commerciale d’une PME. À mesure que l’activité se développe, les commandes se multiplient, les fournisseurs se diversifient, et les marges peuvent rapidement se tendre.

Un bon logiciel de gestion des stocks permet :

• de maîtriser les coûts de stockage ;
• d’optimiser les approvisionnements en fonction des mouvements constatés ;
• d’avoir un historique des achats et des conditions négociées avec les fournisseurs.

Outils recommandés :

• Erplain : pour suivre ses niveaux de stocks en temps réel et automatiser sa gestion ;
• Odoo : un outil de gestion d’inventaires Open Source qui permet aussi d’automatiser les rappels des fournisseurs.

Vous l’avez compris, le choix du meilleur logiciel de gestion pour PME dépend avant tout de vos besoins métiers. Il n’existe pas de solution unique, mais une multitude d’outils performants capables de s’adapter à la taille et aux objectifs de votre entreprise.

Vous voulez gagner du temps et mieux piloter votre activité au quotidien ? Découvrez les outils proposés par Qonto (facturation, gestion de trésorerie, comptabilité, etc.) et concentrez-vous sur ce qui compte vraiment : le développement de votre entreprise.