Logiciel de facturation pour auto-entrepreneur : comment faire son choix ?

La facturation joue un rôle central dès la création d’une auto-entreprise : elle conditionne les encaissements, le suivi du chiffre d’affaires, ou encore la conformité vis-à-vis de l’administration fiscale.

Avec la généralisation progressive de la facturation électronique, s’appuyer sur un logiciel de facturation n’est plus seulement confortable pour les micro-entrepreneurs. C’est un véritable levier pour piloter son activité et sécuriser ses obligations légales.

Quelle solution choisir face à la diversité des outils disponibles ? Découvrez notre top 7 des logiciels de facturation pour auto-entrepreneur disponibles sur le marché.

Le marché des solutions pour auto-entrepreneur s'est considérablement développé ces dernières années. Voici notre sélection des 7 meilleures logiciels de facturation :

• Qonto ;
• Henrri ;
• Tiime ;
• Indy ;
• Abby ;
• Solo par le Portail auto-entrepreneur ;
• Evoliz.

Qonto propose un logiciel de facturation 100 % gratuit, accessible aux auto-entrepreneurs, y compris ceux qui ne détiennent pas de compte professionnel sur la plateforme.

Concrètement, Qonto permet :

• la création de factures et devis personnalisables et conformes en quelques clics ;
• des relances automatiques en cas de retard de paiement ;
• un suivi en temps réel du statut des factures (envoyée, acceptée, payée) ;
• la synchronisation des comptes bancaires externes ;
• la centralisation des factures clients et fournisseurs ;
• le suivi des notes de frais ;
• l’accès à une application mobile performante et à un support client disponible 7j/7.

Qonto est également une Plateforme Agréée (PA) par l’État, anciennement Plateforme de Dématérialisation Partenaire (PDP), garantissant la conformité à la réforme de la facturation électronique.

Au-delà de la facturation, l’outil s’inscrit dans un écosystème plus large et facilite la gestion des dépenses, la centralisation des données financières, la pré-comptabilité et la synchronisation bancaire. Un atout si vous souhaitez structurer la gestion de votre auto-entreprise dès les premières factures.

Qonto est idéal si vous recherchez une solution simple, gratuite et conforme, qui peut aussi servir de point d’entrée vers une gestion financière plus structurée.

Henrri est un logiciel de facturation gratuit pensé pour les TPE, les auto-entrepreneurs et les freelances qui souhaitent un outil centré sur la facturation.

Il permet notamment :

• la création illimitée de devis et factures ;
• la transformation d’un devis en facture en 1 clic ;
• la gestion des acomptes ;
• la relance des impayés ;
• la mise en place d’un logo personnel sur les documents.

Henrri propose également des offres payantes (Expert, VIP et Pilotage) pour accompagner l’évolution de l’activité. Elles permettent notamment de personnaliser complètement les factures, de gérer les factures récurrentes ou encore de suivre les indicateurs clés en temps réel.

Tiime propose une solution de facturation en ligne gratuite destinée aux indépendants, avec une approche orientée expérience utilisateur et automatisation.

Les principales fonctionnalités de cet outil :

• la création de devis et factures en illimité ;
• la personnalisation des documents (logo, couleurs, mentions légales, etc.) ;
• un historique et un suivi de la facturation ;
• la facturation sans TVA.

L’outil est accessible sur web et application mobile, ce qui facilite la facturation pour les micro-entrepreneurs qui sont souvent en déplacement.

Tiime est également référencé comme Plateforme Agréée, assurant la conformité avec la réforme de la facturation électronique. Pour le vérifier, il vous suffit de consulter la liste des Plateformes Agréées officiellement immatriculées.

Indy s’adresse aux indépendants et auto-entrepreneurs avec une solution qui va au-delà de la simple facturation. Son logiciel gratuit s’intègre dans une approche plus globale de la gestion d’entreprise.

Il permet :

• la création illimitée de devis et de factures ;
• la personnalisation complète des documents (logo, mentions légales, etc.) ;
• la transformation d’un devis en facture en un clic ;
• le suivi des impayés ;
• la conformité avec la réforme de la facturation électronique.

Indy propose aussi un compte professionnel, la synchronisation bancaire et le suivi de trésorerie aux micro-entrepreneurs qui veulent aller plus loin que la facturation.

Abby propose gratuitement un logiciel de facturation pour les freelances et les indépendants.

Cet outil inclut :

• des devis et factures illimités ;
• la personnalisation basique des documents ;
• la conformité avec la facturation électronique.

Abby propose aussi des fonctionnalités comptables dans son offre gratuite. Ainsi, vous avez accès au livre des recettes et des achats, à une estimation de chiffre d’affaires et à un rappel pour faire vos déclarations auprès de l’Urssaf dans les temps.

Le Portail auto-entrepreneur propose Solo, une solution spécifiquement conçue pour les micro-entrepreneurs.

Cet outil propose notamment :

• la création de devis et factures conformes ;
• un suivi comptable simplifié ;
• la connexion avec votre compte bancaire ;
• des assistants virtuels pour gérer les démarches obligatoires (déclaration de chiffre d’affaires, TVA, CFE, etc.).

Solo se distingue par sa capacité à relier facturation et démarches déclaratives, avec une version d’essai gratuite de 30 jours. Au-delà de cette période, il faudra choisir une formule parmi les offres proposées (à partir de 19,90 € HT).

Evoliz s’adresse aux TPE, PME et indépendants qui recherchent une solution de facturation plus structurée.

L’outil permet :

• la création de devis et factures certifiées ;
• le suivi et la relance des impayés ;
• la signature électronique des documents ;
• la gestion des factures récurrentes, des bons de commandes et des bons de livraison ;
• la synchronisation bancaire.

La facturation manuelle sous Excel ou Word présente plusieurs risques pour votre activité. Au-delà du temps perdu, vous vous exposez à des erreurs de numérotation, des oublis de mentions obligatoires ou des difficultés à retrouver vos documents.

Même si l’usage d’un logiciel de facturation n’est pas obligatoire dans l’immédiat, il présente plusieurs avantages.

Même en comptabilité allégée, vous avez des obligations : émettre des factures, tenir un livre des recettes (et parfois un registre des achats), conserver les justificatifs, etc.

Côté facturation, chaque document émis doit comporter des mentions obligatoires précises (numéro, date d'émission, identité complète du client, description détaillée des prestations, montant HT et TTC, etc.).

Un bon logiciel de facturation intègre automatiquement toutes ces mentions et vous garantit une conformité avec la réglementation en vigueur. Vous évitez ainsi les sanctions de l'administration fiscale, qui peuvent atteindre 15 € par mention manquante ou erronée.

Créer une facture, relancer un client, retrouver un document ou exporter ses données peut vous faire perdre un temps précieux.

Avec un logiciel de facturation pour auto-entrepreneur, vous :

• enregistrez vos clients une seule fois ;
• créez des modèles de prestations récurrentes ;
• générez vos factures en quelques clics.

Les relances de paiement peuvent même être automatisées, vous libérant d'une tâche chronophage qui est souvent délicate.

Le pilotage d’une activité de micro-entrepreneur consiste surtout à :

• savoir ce qui a été facturé ;
• suivre les factures qui sont en attente ou qui ont été payées ;
• garder un œil sur son chiffre d’affaires pour effectuer les déclarations obligatoires et suivre les seuils à ne pas dépasser.

Ces données vous aident à prendre les bonnes décisions pour développer votre activité et à anticiper d'éventuelles difficultés de trésorerie. Certaines solutions proposent même des tableaux de bord personnalisables pour suivre vos indicateurs clés en temps réel.

Plusieurs éléments doivent être pris en compte pour faire le meilleur choix de logiciel possible. Vous devez notamment :

• évaluer vos besoins réels ;
• vérifier la conformité de l’outil ;
• tester son ergonomie ;
• comparer les prix.

Pour commencer, identifiez précisément les besoins de votre micro-entreprise :

• Combien de factures émettez-vous par mois ?
• Avez-vous besoin de gérer des devis ?
• Souhaitez-vous automatiser vos relances ?
• Voulez-vous connecter votre compte bancaire ?
• Avez-vous besoin d'outils comptables avancés ?
• Travaillez-vous souvent en déplacement ?

Assurez-vous que le logiciel de facturation respecte toutes les obligations légales françaises :

• numérotation des factures et mentions obligatoires ;
• archivage sécurisé ;
• conformité avec les règles de TVA (même si vous n'y êtes pas assujetti) ;
• respect du RGPD pour les données clients.

Pensez également à choisir un logiciel conforme à la réforme de la facturation électronique pour ne pas avoir à en changer lors de sa mise en œuvre définitive.

Un logiciel de facturation doit être intuitif et agréable à utiliser. Avant de faire votre choix final, pensez à tester :

• la facilité de création d'une première facture ;
• la personnalisation des modèles de factures ;
• la clarté de l'interface ;
• la qualité de l'application mobile si vous en avez besoin.

Un outil que vous trouvez complexe ou désagréable à utiliser finira abandonné, même s'il est techniquement performant.

S’il existe plusieurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneur gratuits sur le marché, certaines fonctionnalités peuvent être payantes. Posez-vous les questions suivantes :

• Quelles fonctionnalités sont incluses dans l'offre de base ?
• Y a-t-il des frais cachés (frais de mise en service, coût par facture supplémentaire) ?
• Le prix augmente-t-il si votre activité se développe ?
• Pouvez-vous changer d'offre facilement si vos besoins évoluent ?

Si votre priorité est de limiter vos coûts tout en disposant d’un outil fiable et conforme, testez le logiciel de facturation en ligne gratuit de Qonto.

Directement connecté à votre compte professionnel, il vous permet de suivre vos encaissements en temps réel et de garder une vision claire de votre trésorerie, sans multiplier les outils.