Logiciel de facturation certifié : guide complet pour choisir la bonne solution

D'ici le 1er septembre 2027, toutes les entreprises françaises devront obligatoirement émettre leurs factures via un logiciel de facturation certifié. Une révolution qui concerne plus de 4 millions d'entreprises, des micro-entreprises aux PME.

Cette obligation de certification vise à lutter contre la fraude à la TVA, qui représente un manque à gagner de plusieurs milliards d'euros par an. Mais au-delà des exigences légales, utiliser un logiciel certifié offre de nombreux avantages pour votre gestion quotidienne.

Dans ce guide, nous vous expliquons tout ce qu'il faut savoir sur les logiciels de facturation certifiés et nous comparons les principales solutions du marché pour vous aider à faire le bon choix.

Un logiciel de facturation certifié est une solution de facturation qui répond aux exigences légales définies par l'administration fiscale française. Cette certification, délivrée par un organisme accrédité, garantit que le logiciel respecte des normes strictes en matière de sécurité et de traçabilité.

Pour obtenir son attestation de conformité, un logiciel de facturation doit répondre à quatre critères fondamentaux définis par le Code général des impôts :

• l'inaltérabilité : les données de facturation ne peuvent pas être modifiées après validation sans laisser de trace ;
• la sécurisation : le système doit empêcher toute fraude ou manipulation des données ;
• la conservation : l'archivage des données doit être assuré pendant au moins 6 ans ;
• l'archivage : les factures doivent être stockées dans un format qui garantit leur lisibilité dans le temps.

Un bon logiciel de facturation certifié va au-delà de ces obligations minimales. 

En effet, il intègre des fonctionnalités qui facilitent votre gestion quotidienne : création de devis, suivi des paiements, relances automatiques ou encore synchronisation avec votre logiciel de comptabilité.

La réponse courte : oui, mais pas encore pour tout le monde. 

Depuis 2018, la loi anti-fraude à la TVA a imposé progressivement l'utilisation d'un logiciel certifié à toutes les entreprises assujetties à la TVA.

Ainsi, les commerçants qui utilisent un logiciel de caisse ou un système de gestion doivent déjà utiliser une solution certifiée. 

À partir du 1er septembre 2026, cette obligation s'étendra à aux grandes entreprises et aux ETI pour l'émission de leurs factures et toutes les entreprises pour la réception des factures.

Dès le 1er septembre 2027, elle concernera toutes les entreprises qui émettent des factures qu'elles soient destinées à des professionnels (B2B) ou à des particuliers (B2C).

Par conséquent, cette mesure s'applique aux :

• TPE et PME ;
• auto-entrepreneurs ;
• professions libérales ;
• artisans et commerçants ;
• structures qui émettent des factures en France.

Les micro-entreprises bénéficiant du régime de franchise en base de TVA ne sont pas concernées par cette obligation. Cependant, utiliser un logiciel de facturation certifié reste fortement recommandé pour professionnaliser sa gestion et faciliter d'éventuels contrôles fiscaux.

Au-delà de la simple conformité légale, l'utilisation d'un logiciel de facturation certifié transforme votre gestion administrative au quotidien. Voici les principaux bénéfices concrets pour votre entreprise.

Fini le temps perdu sur Excel à créer des factures manuellement. Un logiciel de facturation en ligne moderne automatise l'ensemble du processus de facturation :

• génération automatique des numéros de facture ;
• calcul instantané de la TVA et des totaux ;
• envoi automatique par e-mail ;
• relances programmées pour les impayés ;
• synchronisation avec votre logiciel de comptabilité.

Selon nos clients, l'automatisation de ces tâches permet d'économiser en moyenne 5 heures par semaine. Un temps que vous pouvez consacrer au développement de votre activité plutôt qu'à l'administratif.

Les erreurs de facturation peuvent coûter cher : retards de paiement, litiges clients, corrections chronophages. 

Un logiciel certifié minimise ces risques grâce à :

• des calculs automatiques sans erreur ;
• la vérification des mentions légales obligatoires ;
• l'application automatique des bons taux de TVA ;
• la détection des doublons ;
• l'historique complet de chaque modification.

Cette précision est d'autant plus importante que les contrôles fiscaux se font de plus en plus rigoureux. Un logiciel certifié vous met à l'abri des redressements liés à des erreurs de facturation.

Avoir une vision claire de votre situation financière s'avère essentiel pour piloter votre entreprise. 

Les logiciels de facturation modernes offrent des tableaux de bord qui vous donnent en temps réel :

• le montant des factures en attente de paiement ;
• votre chiffre d'affaires mensuel et annuel ;
• l'identification rapide des retards de paiement ;
• des statistiques sur votre performance financière ;
• la gestion des clients et leur historique de paiement.

Cette visibilité vous permet d'anticiper vos besoins de trésorerie et de prendre les bonnes décisions au bon moment.

La création d'une facture conforme n'a jamais été aussi simple avec les outils modernes. Voici le processus type avec un bon logiciel certifié :

1. Paramétrage initial

Lors de la première utilisation, vous renseignez une seule fois vos informations d'entreprise : raison sociale, SIRET, adresse, coordonnées bancaires, logo. Ces données seront automatiquement reprises sur toutes vos factures.

2. Création du client

Ajoutez votre client dans votre base de données avec ses coordonnées complètes. Ces informations seront mémorisées pour les prochaines factures.

3. Saisie des prestations

Décrivez vos produits ou services, indiquez les quantités et les prix. Le logiciel calcule automatiquement les totaux HT, la TVA et le montant TTC.

4. Validation et envoi

Une fois votre facture validée, elle est automatiquement numérotée et horodatée. Vous pouvez l'envoyer directement par e-mail à votre client ou la télécharger en PDF.

L'ensemble du processus prend moins de 2 minutes avec une interface intuitive. Les logiciels de facturation les plus performants proposent même des modèles de factures personnalisables pour gagner encore plus de temps.

Le marché des logiciels de facturation est vaste et il peut être difficile de s'y retrouver. Nous avons sélectionné et comparé les principales solutions adaptées aux TPE et PME françaises. Voici notre analyse détaillée :

• Qonto ;
• Henrri ;
• Facture.net ;
• Evoliz ;
• MY Facturation ;
• Zervant.

Qonto propose bien plus qu'un simple logiciel de facturation. C'est une plateforme complète de gestion financière qui combine compte professionnel, facturation et outils de pilotage.

Points forts :

• Facturation certifiée intégrée directement à votre compte professionnel
• Création de devis et de factures en quelques clics avec une interface intuitive
• Suivi en temps réel de vos encaissements et des paiements
• Gestion des notes de frais pour vos équipes
• Connexion native avec plus de 2 000 outils (comptabilité, CRM, e-commerce)
• Application mobile performante pour gérer votre activité en déplacement
• Support client réactif et disponible 7j/7, 24h/24 en français

Idéal pour : Les entrepreneurs et PME qui cherchent une solution complète pour centraliser leur gestion financière. Particulièrement adapté si vous souhaitez combiner compte professionnel et facturation dans un seul outil.

Tarifs : Gratuit pour l'outil de facturation seul et à partir de 9€/mois pour le forfait Basic incluant le compte pro en ligne. Essai gratuit de 30 jours disponible.

Petit plus : Avec Qonto, vous bénéficiez d'une vision claire de votre situation financière grâce à des tableaux de bord intuitifs qui connectent directement vos factures à vos flux bancaires.

Henrri se positionne comme une solution accessible, particulièrement adaptée aux auto-entrepreneurs et petites structures.

Points forts :

• Interface épurée et prise en main rapide
• Création de devis et de factures personnalisables
• Gestion des clients et suivi des paiements
• Application mobile disponible sur iOS et Android
• Conformité aux normes françaises

Points d'attention :

• Fonctionnalités avancées limitées
• Pas d'intégration bancaire native
• Options de personnalisation restreintes

Idéal pour : Les freelances et auto-entrepreneurs qui débutent et recherchent un outil simple sans fonctionnalités complexes.

Tarifs : Offre gratuite avec émission de devis et de factures en illimité. Plans payants à partir de 17 €/mois.

Facture.net propose une approche minimaliste avec une offre gratuite attractive pour les professionnels, peu importe le volume de factures.

Points forts :

• Version gratuite illimitée
• Interface simple et rapide
• Création de devis et de factures conformes
• Accessible depuis n'importe quel navigateur
• Aucune installation nécessaire

Points d'attention :

• Fonctionnalités très basiques
• Pas encore prêt pour le passage à la facture électronique
• Peu d'options de personnalisation
• Pas d'application mobile dédiée
• Support limité

Idéal pour : Les auto-entrepreneurs, les TPE et les PME qui cherchent une solution gratuite.

Tarifs : 100 % gratuit.

Evoliz se distingue par ses fonctionnalités étendues, particulièrement adaptées aux PME en croissance.

Points forts :

• Suite complète : devis, factures, avoirs, relances
• Gestion multi-utilisateurs pour les équipes
• Connecteurs avec les principaux logiciels de comptabilité
• Suivi détaillé de la trésorerie
• Tableaux de bord et statistiques avancées
• Compatible Mac et PC
• Mises à jour régulières

Points d'attention :

• Interface parfois jugée moins moderne
• Courbe d'apprentissage plus longue
• Tarifs plus élevés que la concurrence

Idéal pour : Les PME avec plusieurs collaborateurs qui ont besoin de fonctionnalités avancées et d'une gestion d'équipe.

Tarifs : À partir de 16 €/mois, avec des forfaits évolutifs selon les besoins.

MY Facturation propose un bon équilibre entre simplicité et fonctionnalités pour les TPE.

Points forts :

• Interface claire et ergonomie du logiciel soignée
• Gestion des clients et des fournisseurs
• Création de devis convertibles en factures
• Suivi des paiements et relances automatiques
• Statistiques et rapports de performance financière
• Synchronisation Cloud pour accès multi-appareils

Points d'attention :

• Moins connu que les leaders du marché
• Communauté d'utilisateurs plus restreinte
• Intégrations tierces limitées

Idéal pour : Les TPE qui recherchent un bon rapport qualité-prix avec des fonctionnalités solides.

Tarifs : Version gratuite puis forfaits à partir de 10 €/mois.

Zervant se démarque par son offre gratuite, malgré le nombre de factures limité.

Points forts :

• Version gratuite
• Interface moderne et intuitive
• Application mobile performante
• Gestion des clients simplifiée
• Support en français
• Idéal pour débuter sans investissement

Points d'attention :

• Nombre de factures et de clients limité dans la version gratuite
• Fonctionnalités avancées réservées aux versions payantes, comme l'envoi de factures électroniques
• Personnalisation limitée en version gratuite
• Intégrations comptables basiques

Idéal pour : Les freelances et micro-entreprises qui démarrent et ont besoin d'une solution gratuite fonctionnelle.

Tarifs : Gratuit en version de base (maximum 5 clients et 5 factures par mois), plans payants à partir de 9 €/mois pour plus de fonctionnalités.

Le choix d'un logiciel de facturation ne se fait pas au hasard. Plusieurs critères doivent guider votre décision pour trouver la solution la plus adaptée à votre situation.

Si vous émettez moins de 10 factures par mois, une solution simple comme Zervant ou Facture.net peut suffire. Au-delà de 20 factures mensuelles, privilégiez un outil plus robuste comme Qonto ou Evoliz qui automatisera davantage de tâches.

Pour les entreprises avec un volume important (plus de 100 factures/mois), optez pour une solution professionnelle avec gestion multi-utilisateurs et automatisations avancées.

Un bon logiciel doit pouvoir communiquer avec vos autres outils :

• logiciel de comptabilité pour éviter les doubles saisies ;
• CRM pour synchroniser les données clients ;
• plateforme e-commerce si vous vendez en ligne ;
• compte bancaire pour le rapprochement automatique.

Vérifiez la liste des intégrations disponibles avant de faire votre choix. Un éditeur de logiciels qui propose de nombreux connecteurs vous facilitera grandement la vie.

Votre entreprise va grandir. Choisissez un logiciel qui pourra suivre votre développement :

• ajout de nouveaux utilisateurs facilité ;
• gestion de plusieurs entités juridiques ;
• fonctionnalités évolutives selon vos besoins ;
• capacité à gérer un volume croissant.

Changer de logiciel en cours de route représente un coût et une perte de temps considérables. Mieux vaut anticiper dès le départ.

Qonto est l'un des premiers logiciels de facturation électronique du marché à avoir été désigné Plateforme Agréée par l'administration fiscale.

Par conséquent, choisir notre logiciel de facturation gratuit vous permet d'anticiper l'entrée en vigueur de la facture électronique et ainsi aborder ce changement majeur en toute sérénité.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation certifiés ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en décembre 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.