Logiciel de facturation électronique : comparatif 2025, futures obligations et conseils pratiques

La facturation électronique s’apprête à devenir la norme pour toutes les entreprises françaises ayant des clients professionnels. Elles devront émettre, transmettre et recevoir leurs factures sous format électronique d’ici 2026 ou 2027 en fonction de leur taille. Pour anticiper cette transition, il est essentiel de choisir un logiciel de facturation électronique conforme aux nouvelles exigences. Pour vous aider à trouver votre outil, appuyez-vous sur notre comparatif des meilleures solutions disponibles en 2025.

Une facture électronique est une facture créée, transmise et reçue sous un format dématérialisé et structuré permettant son traitement automatique par les logiciels comptables et fiscaux.

Elle se distingue de la simple facture PDF envoyée par e-mail.

Une facture électronique doit contenir des données structurées au format UBL, CII ou Factur-X pour que l’administration puisse les exploiter.

Elle est valable uniquement si elle garantit :

• l’authenticité de son origine (son émetteur) ;
• l’intégrité de son contenu ;
• sa lisibilité.

À partir de la réforme de la facturation électronique obligatoire, toutes les entreprises françaises assujetties à la TVA devront émettre des factures clients au format électronique et les transmettre via une Plateforme Agréée.

Les factures fournisseurs seront également réceptionnées dans un format électronique.

Le calendrier de la réforme de la facturation électronique est le suivant :

• 1er septembre 2026 : obligation de recevoir des e-factures + émission de factures électroniques pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaires ;
• 1er septembre 2027 : obligation d’émettre des factures électroniques pour les petites et moyennes entreprises (y compris les micro-entreprises).

Qonto propose dès aujourd’hui un logiciel compatible avec la facturation électronique, car nous faisons partie des plateformes agréées par l’État.

Un logiciel de facturation est un outil qui vous permet de créer et d’envoyer des factures numériques, souvent au format PDF.

Le logiciel de facturation électronique va plus loin et répond aux exigences légales de la réforme de l’e-invoicing obligatoire. Il permet de :

• générer des factures au format structuré (Factur-X, UBL ou CII) ;
• transmettre les factures via une Plateforme Agréée (ex plateforme de dématérialisation partenaire) ;
• remplir les obligations d’e-reporting ;
• archiver les e-factures.

Pour cela, il doit garantir l’intégrité, la lisibilité et l’authenticité des documents.

La plupart des logiciels de facturation électronique proposent également des fonctionnalités avancées, telles que :

• la gestion des clients ;
• le suivi des paiements ;
• l’automatisation des relances ;
• la synchronisation bancaire ;
• le pilotage de la trésorerie.

Ces solutions limitent les erreurs de facturation par rapport à une méthode manuscrite.

À partir du 1er septembre 2026, vous devrez obligatoirement être dans la capacité de recevoir des factures électroniques à l’aide d’une Plateforme Agréée ou d’un opérateur de dématérialisation connecté à une Plateforme Agréée quelle que soit la taille de votre entreprise.

Optez dès maintenant pour un logiciel de facturation électronique conforme à la réforme.

Qonto est une plateforme agréée qui vous permet déjà d’envoyer et de recevoir toutes vos factures professionnelles au format électronique.

Il n’y a aucun intermédiaire pour plus de sécurité et notre solution vous garantit une traçabilité complète et une conformité fiscale totale.

Pour vous aider à y voir clair, voici un comparatif des meilleurs logiciels de facturation électronique. À savoir :

• Qonto Facturation ;
• Henrri ;
• Tiime ;
• Facture.net ;
• Esker ;
• Sage ;
• Evoliz.

Qonto propose désormais une fonction de facturation gratuite sans compte pro ou intégrée à votre compte professionnel.

Henrri est un logiciel de facturation en ligne, développé par Rivalis. Il se décline en quatre formules pour s’adapter aux besoins de chaque entreprise.

La première est totalement gratuite et elle permet de :

• créer des devis et des factures électroniques en illimité, et conforme avec la réforme 2026 et la loi anti-fraude TVA ;
• rechercher ses clients avec la connexion INSEE ;
• partager et valider ses documents en ligne ;
• suivre les paiements et recevoir une alerte aux échéances ;
• proposer les paiements en ligne et par mobile ;
• relancer les impayés ;
• générer le journal des ventes ;
• avoir un accès expert-comptable.

Les forfaits payants (de 17 à 550 € HT par mois) offrent des fonctionnalités avancées, telles que l’édition de factures d’avancement, le financement de factures en 48 heures, le rapprochement bancaire semi-auto, les relances automatiques et l’obtention d’outils de pilotage d’entreprise.

Tiime est une Plateforme Agréée. De ce fait, son logiciel de facturation électronique vous permet d’anticiper la réforme.

Son offre 100 % gratuite s’adresse avant tout aux entrepreneurs, aux freelances et aux TPE. Elle comprend :

• la création de devis et de factures illimités (dont des factures récurrentes) ;
• la personnalisation des documents ;
• la réception des factures électroniques ;
• la création d’un catalogue de prestations ;
• le suivi des performances en temps réel ;
• la gestion des multi-taux de TVA.

Tiime peut également se transformer en logiciel tout-en-un : facturation, compte pro, gestion des achats et des notes de frais, création d’entreprise, suivi de trésorerie.

Les forfaits supérieurs vous permettent notamment de relancer vos factures impayées, d’envoyer des liens de paiements et d’avoir la signature électronique des devis.

Facture.net combine CRM et facturation gratuite. Il est totalement conforme à la loi anti-fraude TVA et aux normes de la facturation électronique. Ses principales fonctionnalités sont :

• la création gratuite et illimitée de devis et de factures ;
• la gestion de vos clients avec centralisation des données et automatisation des processus ;
• la création d’un site vitrine professionnel avec formulaire de demande de devis intégré ;
• l’importation des notes de frais et des factures d’achat ;
• le suivi de l’état de paiement des factures et la relance des impayés ;
• l’intégration d’un lien de paiement sur les factures.

Cet outil convient aussi bien aux micro-entrepreneurs, aux TPE qu’aux PME.

Esker est une solution premium dédiée à la dématérialisation et à l’automatisation des processus.

Elle est devenue une Plateforme Agréée par l’administration fiscale et elle est une des rares à inclure les trois formats de factures électroniques (UBL, CII et Factur-X).

Le logiciel propose des outils avancés, tels que :

• le remplissage automatique des factures ;
• le suivi en temps réel des factures ;
• la réception d’alertes aux clients qui n’ont pas ouvert les factures ;
• la connexion automatique aux plateformes publiques (Chorus Pro, PEPPOL, etc.) ;
• l’intégration avec la plupart des ERPs ;
• le règlement des factures en ligne ;
• la possibilité pour le client de choisir son mode de réception des factures ;
• un accès multi-utilisateurs.

Ce logiciel s’adapte aux réglementations de plus de 60 pays. Il conviendra donc particulièrement aux entreprises ayant des clients internationaux.

Sage est un éditeur de logiciels. Il a progressivement adapté l’ensemble de ses solutions à la facturation électronique.

Par ailleurs, Sage a été immatriculée en tant que Plateforme Agréée. Cette dernière est donc intégrée à tous ses logiciels sans surcoût. Par exemple :

• Sage Active : une solution cloud dotée d’IA pour automatiser les flux financiers, d’achats et de ventes afin de suivre sa trésorerie ;
• Sage 50 et Sage 100 : des logiciels de devis, de factures, de gestion des stocks et de trésorerie ;
• Sage Intacct : un logiciel de gestion financière en ligne ;
• Sage FRP 1000 : une suite financière modulable multi-entités ;
• Sage Batigest Connect : un logiciel de devis et factures en ligne pour le bâtiment ;
• Sage X3 : une solution de gestion des activités de l’entreprise ;
• Sage Distribution and Manufacturing Operations : un ERP cloud pour les PME et les ETI industrielles ;
• Sage for Accountants : une suite pour les experts-comptables.

Tous ces outils vous accompagnent dans votre transition numérique et comprennent :

• la Plateforme Agréée Sage ;
• la gestion des factures électroniques selon les formats UBL, CII et Factur-X ;
• la mise à jour automatique des statuts des factures ;
• la connexion à l’annulaire public.

Les autres services liés à la facturation dépendent du logiciel choisi.

Evoliz est un logiciel SaaS français spécialisé dans la gestion comptable et la facturation. Ses formules débutent à 16 € HT par mois et intègrent au minimum :

• la création et l’envoi de devis et de factures au format Factur-X (dont des factures de situation) ;
• la gestion des factures multi-devises ;
• le paiement en ligne des factures ;
• le suivi des stocks ;
• la signature électronique des documents ;
• le suivi et les relances des impayés ;
• l’édition du ticket Z pour les commerçants ;
• des outils de comptabilité (gestion de la TVA, journal de vente et caisse, balance, grand livre, etc.).

Les forfaits supérieurs proposent des fonctionnalités avancées de facturation (caisse connectée), de gestion des achats (traitement OCR par IA, gestion de stock et des notes de frais, etc.), de connexion bancaire et d’analyse de performance (rapports, ventilation analytique, prévisionnel de trésorerie, etc.).

Pour choisir votre logiciel de facturation obligatoire, il vous faut évaluer vos besoins et comparer les offres en prenant en compte les critères suivants :

• la reconnaissance par l’administration fiscale ;
• les fonctionnalités proposées ;
• les prix pratiqués ;
• leur facilité d’utilisation ;
• la qualité des services clients.

Tous les logiciels de facturation électronique ne sont pas encore des plateformes agréées par l’administration fiscale. Certains sont des opérateurs qui travaillent avec des plateformes agréées.

Privilégiez les éditeurs qui sont agréés afin d’éviter les intermédiaires.

Le logiciel choisi pourra ainsi transmettre vos données d’e-invoicing et d’e-reporting.

Au-delà de la simple émission de factures électroniques, un bon logiciel doit offrir :

• le suivi des paiements et des relances ;
• la conversion des devis en factures ;
• l’export comptable ;
• la connexion bancaire pour automatiser le rapprochement de la facture à la bonne transaction ;
• la personnalisation des documents ;
• l’archivage sécurisé.

Les logiciels de facturation électroniques peuvent être gratuits, à l’achat ou à l’abonnement.

Les prix varient en fonction des services inclus.

Il est important de se référer au rapport qualité-prix pour choisir son outil.

La transition numérique ne doit pas rimer avec complexité.

Optez pour un logiciel intuitif, compatible avec vos outils (ERP, logiciel de comptabilité, etc.) et accessible depuis plusieurs supports (ordinateur, tablette, mobile).

Les versions SaaS (en ligne) permettent généralement une prise en main rapide et des mises à jour automatiques en cas d’évolution réglementaire.

Un bon service client est essentiel, surtout pendant une période d’adaptation aux nouvelles obligations de la réforme de la facturation électronique.

Avant de choisir, renseignez-vous sur :

• les canaux de communication (chat, téléphone, e-mail) ;
• les horaires de disponibilité ;
• la réactivité du support.

Avec Qonto, obtenez une réponse à vos questions 7j/7, 24h/24 et en seulement quelques minutes.

Les équipes de Qonto sont disponibles par e-mail, chat et téléphone en fonction de vos préférences.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation électronique ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en novembre 2025 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.

Le compte pro rémunéré de Qonto n’est pas un compte bancaire, ni un produit d’investissement ou d’épargne. En tant qu’établissement de paiement, Qonto propose des comptes de paiement, tels que définis aux articles L314-1 I et L522-4 du Code monétaire et financier. La rémunération du compte de paiement Qonto n’est pas un service de paiement, mais une promotion commerciale pour récompenser les entreprises qui l'utilisent au quotidien, ainsi que les divers services associés.