Logiciel de facturation pour PME : comparatif des meilleures solutions

La gestion de la facturation ne se limite pas à l’émission de factures pour une PME. Elle implique le suivi des règlements, la gestion de la relation client et le pilotage de trésorerie. Pour gagner du temps et sécuriser leur processus, de nombreuses entreprises optent pour un logiciel de facturation.

Ces derniers permettent de centraliser les documents, d’automatiser certains process et de mieux piloter l’activité. Face à la diversité des solutions disponibles et à l’arrivée de la facturation électronique, il peut toutefois être difficile de faire son choix. Appuyez-vous sur notre comparatif des logiciels de facturation pour PME pour sélectionner votre outil.

Les petites et moyennes entreprises (PME) ont aujourd’hui accès à de nombreux outils pour gérer leurs factures : logiciel de facturation, Plateforme Agréée (PA) et solution compatible. Toutefois, ils n’ont pas tous les mêmes fonctionnalités d’où l’importance de les comparer pour trouver le logiciel qui convient le plus à son entreprise.

Les PME peuvent s’appuyer sur différents types d’outils pour gérer leur facturation. À savoir :

• un logiciel de facturation : il permet de créer des devis, d’émettre des factures et de suivre les paiements des clients. Selon les éditeurs, il peut également intégrer des fonctionnalités de gestion commerciale, de suivi de trésorerie ou de comptabilité ;
• une Plateforme Agréée (PA) : elle est la seule habilitée à transmettre les factures électroniques et les données de transaction dans le cadre de la réforme du 1er septembre 2026 ;
• une solution compatible : elle est connectée à une PA afin de permettre à une entreprise de respecter ses obligations réglementaires.

Pour rappel, toutes les PME françaises devront être en mesure de recevoir des e-factures à compter du 1er septembre 2026.

Or, certains logiciels de facturation ne sont pas encore des PA, ni des solutions compatibles.

Qu’en est-il de Qonto Facturation ?

Nous sommes immatriculés en tant que Plateforme Agréée, ainsi notre logiciel de facturation électronique est 100 % conforme avec la réforme à venir.

Les fonctionnalités proposées varient fortement d’un logiciel de facturation à l’autre. Certaines solutions se concentrent sur la facturation, tandis que d’autres couvrent un périmètre plus large.

En plus de la possibilité de créer des devis et factures, elles peuvent inclure :

• la gestion du temps par tâche ;
• le suivi des paiements en temps réel ;
• les relances clients automatiques ;
• la synchronisation bancaire ;
• le rapprochement bancaire automatique ;
• la gestion des dépenses ;
• le pilotage de trésorerie ;
• des outils comptables ;
• un CRM ;
• un tableau de bord de suivi de performance.

Plus les fonctionnalités sont adaptées aux besoins de votre PME, plus le logiciel contribuera à réduire les tâches administratives et à améliorer le pilotage de votre activité.

Chez Qonto, vous n’avez aucun compromis à faire.

Notre outil de facturation électronique vous permet d’envoyer des factures électroniques en illimité, de suivre leur statut en temps réel et de recevoir vos paiements directement sur votre compte pro Qonto (si vous en avez un).

Afin d’avoir une vision claire de vos transactions, vous pouvez également recevoir vos factures d’achat (et les importer si besoin). Vous payez ainsi vos fournisseurs facilement et dans les temps grâce à la visualisation de vos échéances et au règlement en quelques clics.

Autre avantage : vos factures et transactions sont automatiquement réconciliées. Plus de vérification à faire ligne par ligne. Vous avez même la possibilité de connecter vos outils de production comptable à Qonto pour automatiser davantage vos processus.

Découvrez les principales fonctionnalités des logiciels de facturation destinés aux PME :

Voici un aperçu plus détaillé des solutions évoquées dans le tableau pour vous aider à trouver le meilleur logiciel de facturation pour votre PME. À savoir :

• Qonto ;
• Evoliz ;
• EBP ;
• Sage ;
• Axonaut ;
• Pennylane ;
• Sellsy ;
• Zervant ;
• Henrri ;
• Indy.

Qonto vous propose un outil de facturation électronique 100 % conforme et gratuit.

Sans compte pro, il présente les fonctionnalités suivantes :

• création de devis et factures personnalisés en illimité ;
• suivi des factures en temps réel ;
• relance automatique des clients ;
• centralisation des factures clients et fournisseurs ;
• gestion des notes de frais ;
• synchronisation des comptes bancaires externes avec suivi de trésorerie et rapprochement automatique facture/transaction ;
• accès comptable dédié.

Si vous possédez un compte pro Qonto, le logiciel de facturation s’intègre parfaitement dans votre solution de gestion financière. Vous accédez alors à davantage d’outils, tels que :

• un compte pro complet (cartes de paiement paramétrables, virements instantanés et internationaux, Tap to Pay, etc.) ;
• l’intégration de liens de paiement sur vos factures ;
• le paiement des fournisseurs en quelques clics ;
• le pilotage de votre trésorerie à partir d’un tableau de bord intuitif ;
• la connexion avec tous vos logiciels ;
• des solutions de financement attractives (découvert professionnel, financement des factures d’achat, carte à débit différé, prêts professionnels).

Le logiciel de facturation électronique Qonto s’adresse aux PME souhaitant centraliser leur facturation et leurs opérations financières au sein d’une même plateforme.

Evoliz est un logiciel de facturation et de comptabilité conçu pour les TPE / PME.

Sa formule de base à 29 € HT par mois combine :

• facturation illimitée (dont factures d’acompte et de situation) ;
• paiement en ligne des factures ;
• suivi et relance des impayés ;
• catégorisation des achats et des dépenses ;
• gestion des notes de frais ;
• synchronisation bancaire ;
• CRM ;
• établissement des documents comptables (journal de vente, d’achat et de banque, balance et grand livre) ;
• export et import des données ;
• accès expert-comptable ;
• API.

Les solutions de facturation et de comptabilité d’EBP accompagnent les PME dans la gestion de leur activité. Elles proposent des versions adaptées à certains secteurs, notamment le bâtiment, le commerce ou l’automobile.

À titre d’exemple, EBP Bâtiment ACTIV donne accès à :

• la facturation électronique pensée pour les professionnels du bâtiment (factures de situation, retenue de garantie, etc.) ;
• la gestion des chantiers, des achats et des stocks ;
• l’établissement des décomptes généraux et définitifs.

Quant à EBP Gestion Commerciale Pro, il allie facturation (dont la facturation périodique), gestion des achats et du réapprovisionnement, relances clients, statistiques détaillées et planification des ressources.

Sage fait partie des acteurs historiques des solutions de gestion d’entreprise.

Sa Plateforme Agréée est intégrée dans tous ses logiciels.

Par exemple, Sage 100 est un outil dédié aux PME de tous secteurs. Il combine :

• facturation électronique avec gestion des impayés ;
• suivi de trésorerie en temps réel ;
• gestion des dépenses avec définition des polites internes et des flux de validation ;
• rapprochement bancaire ;
• traduction des écritures comptables automatisée ;
• assistant IA.

Axonaut est un logiciel de gestion simplifié ultra complet destiné aux PME. Il est accessible à partir de 38,80 € HT par mois.

Sa plateforme de facturation vous donne accès aux fonctions suivants :

• personnalisation des factures ;
• signature électronique des documents ;
• paiement en ligne des factures ;
• gestion des factures d’acompte, de solde et d’abonnement ;
• pilotage de la comptabilité (synchronisation bancaire, suivi des recettes et dépenses, rapprochement bancaire, relance des impayés, scan des justificatifs et accès comptable) ;
• centralisation de la relation commerciale (suivi des ventes, campagnes email et SMS, segmentation des clients, etc.).

Elle intègre également un compte pro, le suivi des projets, la gestion des dépenses et du stock, ainsi que des outils RH.

Pennylane combine des fonctionnalités de facturation, de comptabilité et de pilotage financier.

Ses formules commencent à 29 € HT par mois pour les PME. Elles comprennent a minima les fonctionnalités suivantes :

• 2 400 factures clients, d’achats et notes de frais par an ;
• gestion des ventes (reconnaissance OCR, documents commerciaux, liens de paiement, rapprochement automatique, etc.) ;
• gestion des achats (saisie automatique des justificatifs, planification des paiement, etc.) ;
• compte pro avec cartes de paiement illimitées ;
• analyse des finances ;
• collaboration comptable.

Ce logiciel de facturation pour TPE et PME est particulièrement adapté aux entreprises souhaitant rapprocher leur gestion opérationnelle et leur comptabilité.

Sellsy est une solution tout-en-un de pilotage d’entreprise.

Son logiciel de facturation en ligne débute à 29 € HT par utilisateur et par mois.

Il comprend notamment :

• la création de devis, factures, bons de commande, bons de livraison et factures proforma ;
• les relances automatiques ;
• le rapprochement bancaire ;
• le paiement en ligne sécurisé ;
• le suivi d’activité ;
• la gestion des achats et des marges ;
• des outils de pré-comptabilité ;
• des automatisations ;
• un accès expert-comptable.

Pour 10 € de plus par mois, vous profitez également de sa solution de vente avec le suivi des performances commerciales et les campagnes marketing.

Sellsy propose également un module Trésorerie (à partir de 49 € HT par mois).

Zervant est davantage un logiciel de facturation pour freelance, mais il peut convenir aux petites PME avec son forfait Plus.

Cette formule intègre notamment :

• la facturation illimitée avec personnalisation avancée des documents et paiement en ligne ;
• l’ajout des reçus avec détection automatique de la TVA et la réconciliation illimitée ;
• la saisie comptable simplifiée avec mise à jour automatique du grand livre et des états financiers ;
• l’export des documents ;
• un tableau de bord de suivi des finances ;
• un rapport de ventes ;
• 5 connexions bancaires.

Henrri est un logiciel de facturation gratuit développé pour les auto-entrepreneurs, TPE et PME.

Malgré sa gratuité, il compile une grande variété de fonctionnalités intéressantes, telles que :

• la validation de devis en ligne ;
• la gestion des acomptes ;
• l’intégration d’un QR Code ou d’un lien de paiement sur les factures ;
• la synchronisation bancaire ;
• la relance des impayés ;
• des outils de pré-comptabilité (export comptable, journal des ventes, accès expert-comptable).

Avec les formules supérieures, vous avez accès à un assistant dans la prise de décisions avec la comparaison de vos tarifs avec votre marché, la suggestion d’argumentaires et le pré-remplissage des devis.

À l’origine, Indy était seulement une solution spécialisée dans la comptabilité des indépendants.

Elle s’est toutefois développée pour proposer un logiciel de facturation pour SARL, EURL, SAS et SASU.

Sa force est qu’elle comporte une version gratuite incluant  :

• la facturation électronique, ;
• la pré-comptabilité (avec synchronisation bancaire, catégorisation et gestion des notes de frais) ;
• un compte pro.

Néanmoins, c’est son offre à 49 € HT par mois qui peut être intéressante pour les PME puisqu’elle inclut la génération des documents comptables, la réalisation des déclarations fiscales (TVA, liasse 2033 ou 2065, etc.) et la gestion des fiches de paie du dirigeant.

Le choix d’un logiciel de facturation pour une PME doit prendre en compte plusieurs éléments. À savoir :

• les besoins actuels et futurs de l’entreprise ;
• la conformité avec la facturation électronique ;
• la qualité de l’interface et du service client ;
• son coût.

Avant de comparer les logiciels disponibles sur le marché, il est important de définir précisément ses attentes.

Une PME peut avoir besoin de fonctionnalités très différentes selon son activité et son organisation.

À titre d'exemple, un logiciel de facturation pour SAS doit souvent combiner des fonctionnalités avancées de facturation, de collaboration, de gestion des utilisateurs et de validation des dépenses.

Cette première analyse permet de réduire rapidement le nombre de solutions pertinentes.

La réforme de la facturation électronique va progressivement modifier les obligations des PME françaises.

Au 1er septembre 2026, elles devront être en mesure de réceptionner des factures électroniques et au 1er septembre 2027 d’en envoyer. À cette même date, elles auront également à transmettre leurs données de transaction à l’administration fiscale.

Pour cela, elles devront être équipées d’un logiciel de facturation 100 % conforme. À savoir, une Plateforme Agréée ou une solution compatible.

Avant de faire votre choix, il est donc important de vérifier le statut des outils sélectionnés.

Anticiper dès aujourd’hui ces évolutions peut vous éviter une migration précipitée vers un nouveau logiciel dans les mois à venir.

Que vous soyez à la recherche d’un logiciel de facturation pour SASU de petite taille ou pour une PME de grande envergure, ce dernier sera utilisé quotidiennement.

Son interface doit donc être simple à utiliser par vos équipes et toutes les fonctionnalités doivent être facilement accessibles.

De nombreuses PME privilégient aujourd'hui un logiciel de facturation cloud afin d'accéder à leurs données depuis n'importe quel poste de travail, d’encourager le travail collaboratif et de bénéficier automatiquement des mises à jour régulières de la solution.

La qualité du support client constitue également un critère important. Documentation, assistance technique, tutoriels ou assistance au déploiement peuvent faciliter la prise en main de la solution.

Certaines solutions fonctionnent avec une version gratuite, tandis que d’autres proposent plusieurs niveaux d’offres selon les besoins de l’entreprise.

Comparez les tarifs en examinant :

• les fonctionnalités incluses ;
• les éventuels coûts additionnels ;
• les limites de certaines offres.

Une solution légèrement plus coûteuse peut parfois générer des gains de productivité significatifs et offrir un meilleur retour sur investissement à long terme.

Avec Qonto Facturation, les PME bénéficient d’un logiciel de facturation électronique complet et 100 % gratuit.

Toutefois, elles peuvent aller plus loin en optant pour la solution complète de gestion financière de Qonto accessible dès 9 € HT par mois. Elles bénéficient alors d’un compte pro avec de nombreux outils de pilotage de trésorerie, de facturation, de gestion des achats, de maîtrise des dépenses d’équipe et de pré-comptabilité dans une interface unique.

De quoi simplifier le quotidien des équipes et préparer sereinement la transition vers la facturation électronique.

600 000 entreprises clientes ont choisi Qonto pour gagner en efficacité et réduire le temps consacré à certaines tâches répétitives.

Les informations mentionnées dans cet article sur la comparaison des logiciels de facturation pour PME ont été rassemblées après une recherche approfondie sur les sites web des fournisseurs respectifs en juin 2026 et en toute bonne foi. Qonto n'est pas responsable de l'exactitude complète de toutes les informations, car les prix et les services peuvent changer au fil du temps. Nous faisons de notre mieux pour que toutes les informations soient toujours à jour. Nous vous invitons toutefois à vous informer par vous-même avant de prendre une décision finale.