Facturation électronique pour les médecins : quelles obligations au 1er septembre 2026 ?

Même si les actes de soins sont en dehors du champ de l’obligation d’émission de factures électroniques, les médecins doivent tout de même être en mesure de recevoir des e-factures. Par ailleurs, certaines de leurs activités peuvent être pleinement concernées par la réforme de la facturation électronique.

Découvrez tout ce qu’il faut savoir sur les obligations liées à la facturation électronique pour les médecins et comment s’y préparer sereinement.

Les médecins sont concernés par la facturation électronique même si leurs actes de soins bénéficient d’une exonération de TVA. Ils doivent pouvoir recevoir les factures électroniques qui leur sont adressées.

Par ailleurs, certains d’entre eux effectuent des opérations qui entrent pleinement dans le champ d’application de la réforme.

Les actes de soins réalisés par les médecins sont exonérés de TVA. Il s’agit notamment des consultations, des actes cliniques et des actes techniques qui ont pour finalité la prévention, le diagnostic, le traitement ou le soin.

Ces actes n’ont pas à faire l’objet d’une facture électronique, ni du e-reporting.

Les notes d'honoraires des médecins remplaçants sont également exonérées de TVA et en dehors du champ d'application de la facturation électronique.

Vous n’avez donc pas à transformer la facturation des actes médicaux à vos patients en factures électroniques. En revanche, celle-ci doit toujours respecter les règles établies par l’Assurance Maladie (nomenclature en vigueur, feuille de soin électronique, télétransmission SESAM-Vitale, etc.).

Les médecins libéraux doivent pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs à partir du 1er septembre 2026, même s’ils ne sont pas tenus d’en émettre pour leurs actes de soins.

Vous devez dorénavant recevoir ces factures via une Plateforme Agréée (PA).

Ces dernières sont les seules habilitées à transmettre les e-factures et les données correspondantes à l’administration fiscale.

En effet, les factures électroniques ne sont pas de simples PDF adressés par e-mail. Il s'agit de factures transmises dans un format structuré (factur-X, UBL, CII) et à l'aide d'une PA.

Vous réalisez des prestations autres que des actes de soins ? Vous pouvez être soumis à l’obligation d’émettre des factures électroniques. Néanmoins, cette mesure n’entrera en vigueur qu’au 1er septembre 2027 pour les professionnels libéraux de santé exerçant sous le régime micro-BNC, en entreprise individuelle ou dans une TPE/PME.

En effet, un médecin peut exercer des activités qui ne correspondent pas directement à des actes de soins. Par exemple :

• des expertises médicales effectuées pour des assurances ou la justice ;
• des actes de médecine esthétique sans finalité thérapeutique ;
• des formations ;
• la mise à disposition de locaux et d’installations techniques.

Dans ce cas, le traitement au regard de la facturation électronique dépend de l’assujettissement ou non du client à la TVA.

Ces opérations ne profitent pas de l’exonération de TVA et doivent donc faire l’objet d’une facture électronique transmise à l’aide d’une Plateforme Agréée pour les clients professionnels.

En revanche, l’obligation change si le client est un particulier, une entreprise/association non assujettie à la TVA ou un client situé à l’étranger. Dans ce cas, vous êtes soumis au e-reporting. Vous devez communiquer les données de la transaction à l’administration fiscale via une PA.

C’est également le cas pour les prestations relevant de la TVA à l’encaissement.

Vous pensez échapper à la facturation électronique car vous êtes sous le régime de la franchise en base de TVA ? Ce n’est pas le cas. Vous demeurez un assujetti à la TVA au même titre que les professionnels facturant de la TVA.

Heureusement, vous n’êtes pas obligé d’utiliser une solution onéreuse pour remplir vos nouvelles obligations. Il existe des Plateformes Agréées gratuites.

C’est notamment le cas de Qonto Facturation.

Notre logiciel de facturation 100 % gratuit vous permet de respecter toutes les mesures de la réforme de la facturation électronique simplement.

Même si vous n’avez pas à dématérialiser les factures correspondant à vos actes de soins, vous devez vous conformer à la réforme de la facturation électronique.

En effet, tous les médecins doivent pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs à partir du 1er septembre 2026. Par ailleurs, ceux qui effectuent des opérations ne bénéficiant pas de l’exonération de TVA ont à émettre des e-factures ou à transmettre leurs données d’e-reporting.

Voici les étapes à réaliser :

• identifier les opérations du cabinet : distinguez les actes de soins exonérés de TVA des éventuelles prestations ou opérations qui sont soumises à la TVA et qui entrent dans le champ de la facturation électronique ;
• déterminer vos nouvelles obligations : réception des factures électroniques, émission d’e-factures pour les opérations sans exonération de TVA pour des clients professionnels, etc. ;
• vérifier les outils utilisés : certains logiciels métiers, de comptabilité ou de gestion peuvent être des « solutions compatibles ». Ces dernières sont connectées à une Plateforme Agréée pour vous proposer les fonctionnalités liées à la facturation électronique ;
• choisir une Plateforme Agréée : votre logiciel médical ne doit pas nécessairement être votre solution de facturation électronique. Opter pour une PA définitivement immatriculée sur la liste officielle de l’État vous permet d’être certain de votre conformité.

La plupart des logiciels de facturation médicale ne sont pas compatibles avec la facturation électronique (MediStory, Doctolib, Weda, CGM, etc.). C’est pourquoi, il est important de vous équiper d’une Plateforme Agréée en complément de votre outil métier.

Le choix d’une Plateforme Agréée constitue une étape importante pour préparer votre cabinet à la réforme. Prenez en compte plusieurs critères pour trouver celle adaptée à votre activité. À savoir :

• les fonctionnalités proposées : facturation illimitée, suivi en temps réel des paiements, relance des impayés, pré-comptabilité, etc. : toutes les Plateformes Agréées n’ont pas le même niveau de services ;
• la simplicité d’utilisation : privilégiez une interface intuitive, notamment si vous souhaitez limiter le temps consacré à la gestion administrative de votre cabinet ;
• les intégrations : une connexion à votre logiciel de comptabilité, à votre compte bancaire ou à vos outils de gestion peut vous éviter les doubles saisies et faciliter votre suivi ;
• la collaboration comptable : vérifiez la possibilité d’exporter facilement vos données ou la présence d’un accès pour votre expert-comptable ;
• la sécurité des données : les informations d’un cabinet médical doivent faire l’objet d’une attention particulière. Regardez les mesures mises en place par le prestataire pour assurer leur sécurité et leur confidentialité ;
• le coût : comparez les tarifs en fonction de vos besoins réels puisque vous utilisez déjà certainement un logiciel de facturation médicale payant.

Une Plateforme Agréée ne remplace pas votre logiciel médical. L’outil utilisé pour gérer vos rendez-vous, vos dossiers patients ou la facturation des actes de soins répond à des besoins différents.

La PA intervient principalement dans le cadre de la réforme de la facturation électronique. Comparez les différentes Plateformes Agréées disponibles pour trouver une solution qui s’intègre facilement à votre organisation actuelle, sans surcoût inutile.

À titre d’exemple, Qonto Facturation est une des rares PA 100 % gratuite et compatible avec vos outils (compte bancaire, logiciel comptable, etc.).

Elle a été pensée pour simplifier votre gestion quotidienne en centralisant vos factures clients, d’achats et notes de frais au sein d’un seul environnement.

Création des factures en moins d’une minute, suivi des paiements en temps réel automatisé, relance des clients en un clic, rapprochement facture/transaction facilité : tout est intuitif.

Vous utilisez déjà le compte pro de Qonto ? Notre PA est nativement présente dans votre interface.

Pour un médecin libéral, Qonto Facturation peut ainsi compléter les outils en place en prenant en charge gratuitement le volet facturation électronique et financier du cabinet.